Egyre több cég kínál arra lehetőséget, hogy egy gyors regisztrációt követően, online módon állítsuk ki a számláinkat. Egy webshop esetében magától értetődő, hogy nem manuálisan, hanem számlázó program segítségével, automatizálja a számlázását, de nem csak nekik éri meg használni ilyen programot.

Az online számlázó program nem sokban különbözik a letölthető változattól. A különbség talán csak annyiban merül ki, hogy egy online verzió bárhol, bármilyen számítógépről elérhető, a letölthetőnek viszont van egy olyan előnye, hogy nem feltétlen szükséges hozzá folyamatos internetkapcsolat. Így van akinek az egyiket érdemesebb választania, van akinek a másik az előnyösebb. Ha online számlázó program mellett döntünk, akkor érdemes összehasonlítani a különböző cégek ajánlatait, mivel jelentős különbségek lehetnek mind a funkciókban, mind az árakban. A legtöbb számlázó program kínál ingyenesen is használható verziót, amely egy kisebb számlakibocsátású cég esetében akár kielégítő is lehet. Ha azonban havi szinten sok számlát kell kiállítanunk, akkor nem érdemes az ingyenes verziókkal szenvedni, mivel a prémium csomagokkal annyi időt és pénzt spórolhatunk, hogy könnyedén megtérül az előfizetési díja. Ha már számlázó programot kezdünk használni, akkor érdemes megfontolnunk azt is, hogy papír alapú számla mellett maradunk, vagy lépünk egy nagyot és egyből elektronikus számla használatára térünk át. Az elektronikus számlák nagy előnye, hogy nem szükséges kinyomtatnunk, így pénzt és a postázási tevékenységet is megspórolhatjuk vele, elég ha e-mailben elküldjük a kiállított számlát az ügyfélnek.